คณะเทคโนโลยีการเกษตรและอุตสาหกรรมเกษตร ได้เกิดขึ้นจากการรวมของ
คณะวิชาพืชศาสตร์ คณะวิชาสัตวศาสตร์ คณะวิชาประมง คณะวิชาเทคโนโลยีการอาหาร
และคณะวิชาเกษตรกลวิธานซึ่งจัดการเรียนการสอนภายในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล ศูนย์พระนครศรีอยุธยา หันตรา

มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล ศูนย์พระนครศรีอยุธยา หันตรา
เริ่มแรกก่อตั้งเป็นโรงเรียนประถมวิสามัญเกษตรกรรม เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2476
ณ ตำบลท่าวาสุกรี อำเภอกรุงเก่า จังหวัดพระนครศรีอยุธยา

ต่อมาได้ยกฐานะเป็นโรงเรียนเกษตรกรรม โดยขยายรับนักเรียนที่จบชั้นประถมปีที่ 4
มาเรียนต่อวิชาชีพเกษตรกรรมชั้นต้นอีก 2 ปี

• พ.ศ. 2481 ย้ายที่ตั้งโรงเรียนจากตำบลท่าวาสุกรี อำเภอกรุงเก่า จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ไปอยู่ที่แห่งใหม่ที่หมู่ที่ 8 ถนนป่าโทน ตำบลประตูชัย อำเภอกรุงเก่า จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
• พ.ศ.2483 เปลี่ยนชื่อเป็น โรงเรียนเกษตรกรรมอยุธยา รับนักศึกษาจบชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 มาเรียนต่ออีก 2 ปี และอบรมเพิ่มเติมอีก 1 ปี
• พ.ศ. 2487 โรงเรียนได้ขยายการศึกษา เปิดรับนักเรียนเกษตรกรรมชั้นกลางขึ้นอีกแผนกหนึ่ง โดยรับช่วงนักเรียนที่จบหลักสูตรเกษตรกรรมชั้นต้น 2 ปี มาเรียนต่ออีก 3 ปี มีสิทธิ์เทียบเท่ากับนักเรีนนที่จบหลักสูตรครูหรือ ม.6 สมัยนั้น
• พ.ศ. 2504 เปิดรับนักเรียนที่จบหลักสูตรการศึกษาเกษตรกรรมชั้นกลาง มาเรียนต่ออีก 3 ปี เป็นหลักสูตรประโยคอาชีวศึกษาชั้นสูง แผนเกษตรกรรม (ม.ศ.6 แผนกเกษตรกรรม)
• พ.ศ. 2508 ขยายการศึกษาไปถึงชั้นประกาศนียบัตรวิชาชีพชั้นสูง แผนกเกษตรกรรม (ปวส.เกษตรกรรม) วิชาเอกพืชศาสตร์ ในปีแรก และวิชาเอกสัตวศาสตร์ในปีต่อมา เป็นหลักสูตร 2 ปี โดยรับผู้ที่จบประโยคอาชีวศึกษาชั้นสูงเข้าเรียนต่อ และได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นวิทยาลัยเกษตรกรรม สังกัดกรมอาชีวศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ชื่อ วิทยาลัยเกษตรกรรมพระนครศรีอยุธยา
• พ.ศ. 2518 วิทยาลัยเกษตรกรรมพระนครศรีอยุธยา ได้โอนไปสังกัด วิทยาลัยเทคโนโลยีและอาชีวศึกษา ซึ่งเป็นกรมที่จัดตั้งขึ้นใหม่ในกระทรวงศึกษาธิการ และได้เปลี่ยนชื่อวิทยาลัยเป็น วิทยาเขตเกษตรพระนครศรีอยุธยา พร้อมทั้งปรับปรุงหลักสูตร ม.ศ. 6 แผนกเกษตรกรรม เป็นหลักสูตร ปวช.
• พ.ศ. 2520 ย้ายสถานที่ตั้งวิทยาเขตมาจัดการเรียนการสอนที่ตำบลหันตรา ในระยะแรก ขณะที่อาคารสถานที่ยังไม่แล้วเสร็จสมบูรณ์ ได้ใช้สถานที่เดิมที่ตำบลประตูชัย เป็นชั้นเรียนบางชั้น และเป็นสถานที่ปฏิบัติงานฟาร์มบางส่วน รวมทั้งบ้านพักอาจารย์ พ.ศ. 2529 เริ่มจัดการศึกษาในลักษณะโพลิเทคนิค (polytechnique) โดยเปิดสอนหลักสูตร ปวส. เทคโนโลยีเครื่องจักรกลเกษตร ในคณะวิชาเครื่องกล (เดิมใช้ชื่อคณะวิชาเกษตรกลวิธาน) เปิดสอนหลักสูตร ปวส. เทคโนโลยีการอาหาร ในคณะวิชาเทคโนโลยีการอาหาร และจัดตั้งคณะวิชาประมงโดยแยกออกจากคณะวิชาสัตวศาสตร์ เพื่อเปิดหลักสูตร ปวส. ประมง
• พ.ศ. 2531 วิทยาลัยเทคโนโลยีและอาชีวศึกษา ได้รับอนุมัติให้จัดการศึกษาได้ถึงระดับปริญญา และได้รับพระราชทานนามใหม่ว่า สถาบันเทคโนโลยีราชมงคล โดยที่วิทยาเขตพระนครศรีอยุธยาได้สังกัดอยู่ในสถาบันนี้ด้วย และได้เปลี่ยนชื่อวิทยาเขตเป็น วิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา หันตรา ยังคงจัดการเรียนการสอนในระดับ ปวช. และ ปวส. แต่ได้ปรับปรุงโครงสร้างหลักสูตรใหม่ให้สอดคล้องกับนโยบายขยายการศึกษาถึงระดับปริญญา และเปิดสอนหลักสูตร ปวส. การจัดการธุรกิจเกษตรขึ้นเป็นปีแรกและแห่งแรกในสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล
• พ.ศ. 2531 วิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา หันตรา ได้รับอนุมัติให้เปิดสอนในระดับปริญญาเป็นปีแรก โดยเปิดสอนหลักสูตร วิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาพืชศาสตร์ วิชาเอกพืชไร่ สังกัดคณะเกษตรศาสตร์บางพระ เป็นหลักสูตร วท.บ. 4 ปี โดยศึกษาที่วิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา หันตรา 2 ปี และย้ายไปศึกษาที่คณะเกษตรศาสตร์บางพระ อีก 2 ปี
• พ.ศ. 2533 วิทยาเขตได้รับอนุมัติเปิดสอนหลักสูตร วิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาสัตวศาสตร์และ หลักสูตร วิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารธุรกิจเกษตร เพิ่มขึ้นอีก 2 หลักสูตร เป็นหลักสูตร 4 ปี ซึ่งกำหนดให้ 2 ปีแรก ศึกษาที่วิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา หันตรา และ 2 ปีหลังให้ไปศึกษาที่คณะเกษตรศาสตร์บางพระ
• พ.ศ. 2541 ได้รับอนุมัติให้เปิดสอนหลักสูตรปริญญาตรีเทียบเข้าศึกษา (2 ปีต่อเนื่อง) โดยรับผู้ที่สำเร็จการศึกษาระดับ ปวส. เข้าเรียนต่อระดับปริญญาตรี โดยเทียบหน่วยเรียนเข้ากับ หลักสูตรวิทยาศาสตร์บัณฑิต (วท.บ. 4ปี) เปิดสอน 5 หลักสูตร คือ วท.บ. พืชศาสตร์ วิชาเอกพืชไร่ และวิชาเอกพืชสวน วท.บ.สัตวศาสตร์ วท.บ.การบริหารธุรกิจเกษตร วท.บ.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร และหลักสูตร วท.บ.ประมง ในปีการศึกษาเดียวกันนี้ วิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา หันตรา ได้รับอนุมัติให้จัดการศึกษาหลักสูตรปริญญาตรี 4 ปี ทุกสาขาที่ได้รับอนุมัติแล้วที่วิทยาเขตฯ ตลอด 4 ปี โดยนักศึกษาไม่ต้องย้ายสถานที่เรียน แต่ยังคงอยู่ในสังกัดของคณะเกษตรศาสตร์บางพระ
• พ.ศ. 2542 ได้รับอนุมัติให้เปิดสอนหลักสูตรปริญญาตรีเทียบเข้าศึกษา (2ปีต่อเนื่อง) สาขาเกษตรกลวิธาน (วท.บ. เกษตรกลวิธาน) โดยรับผู้ที่สำเร็จการศึกษาระดับ ปวส. สาขา ช่างกลเกษตร ปวส. เกษตรกรรม-ช่างกลเกษตร, ปวส. เทคโนโลยีเครื่องจักรกลเกษตร หรือเทียบเท่า
• พ.ศ. 2544 วิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา หันตรา ได้รับใบรับรองระบบบริหารคุณภาพจากสถาบันรับรองมาตรฐานไอเอสโอ ใบรับรองเลขที่ QMS 01132/383 สำหรับขอบข่ายการจัดการศึกษาระดับประกาศนียบัตวิชาชีพชั้นสูง (ปวส.) หลักสูตร 2 ปี และการบริหารจัดการที่เกี่ยวข้องกับการจัดการเรียนการสอน พ.ศ. 2545 วิทยาเขตฯ ได้ขออนุมัติเปิดสอนภาคบ่าย ในระดับ ปวส. 5 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาคอมพิวเตรอร์ธุรกิจ สาขาวิชาการจัดการ สาขาวิชาการบัญชี สาขาวิชาสัตวศาสตร์ และสาขาวิชาเทคโนโลยีเครื่องจักรกลเกษตร สถาบันฯ ได้พิจารณาอนุมัติ เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม 2545 และเปิดรับนักศึกษาได้ในปีการศึกษา 2546 พ.ศ. 2547 วิทยาเขตฯ เปิดรับนักศึกษาหลักสูตร ปริญญตรี (4 ปี) เพิ่ม 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาเกษตรกลวิธาน และสาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร
• พ.ศ. 2547 คณะเทคโนโลยีการเกษตรและอุตสาหกรรมเกษตร ได้รับการรับรองระบบบริหารงานคุณภาพตามมาตรฐานเลขที่ มอก./ISO9001:2000 จากสถาบันรับรองมาตรฐานไอเอสโอ ใบรับรองเลขที่ QMS 04364/924 สำหรับ 4 ขอบข่าย ได้แก่ การจัดการศึกษาระดับปริญญาตรีและประกาศนียบัตรวิชาชีพชั้นสูง (ปวส.) การบริการวิชาการแก่สังคม การบริหารจัดการที่เกี่ยวข้องกับการจัดการเรียนการสอนและการบริการวิชาการแก่สังคม และงานสนับสนุนเฉพาะด้านบริหารงานวิจัย
• พ.ศ. 2548 สถาบันเทคโนโลยีราชมงคล ได้ยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลสุวรรณภูมิ โดยรวม 4 หน่วยงาน คือ วิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา หันตราวิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา วาสุกรี วิทยาเขตนนทบุรี วิทยาเขตสุพรรณบุรี เข้าด้วยกัน และมี 6 คณะ ได้แก่ คณะเทคโนโลยีการเกษตรและอุตสาหกรรมเกษตร คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี คณะบริหารธุรกิจและเทคโนโลยีสารสนเทศ คณะศิลปศาสตร์ คณะวิศวกรรมศาสตร์และสถาปัตยกรรมศาสตร์ และ คณะครุศาสตร์อุตสาหกรรม